Museum Sejarah Jakarta adalah tempat untuk merawat dan memamerkan benda yang berasal dari periode Batavia dan sebagai pusat pertemuan budaya dari berbagai kelompok suku baik dari dalam maupun dari luar Indonesia dan sejarah kota Jakarta seutuhnya, serta tempat bagi semua orang baik bangsa Indonesia maupun asing untuk menambah pengetahuan dan pengalaman serta dapat dinikmati sebagai tempat rekreasi dan meningkatkan kesadaran akan pentingnya warisan budaya.
Gedung Museum Sejarah Jakarta pada jaman VOC (Vereenigde Oostindische Compagnie) merupakan gedung Staadhuis atau Balai Kota. Bangunan yang berlokasi di Jalan Taman Fatahillah ini dibangun pada tahun 1707 dan diresmikan pada tanggal 10 Juli 1710 oleh Gubernur Jenderal Abraham Van Riebeeck. Balai Kota ini adalah bangunan ke tiga setelah bangunan Balai Kota pertama di dekat Jembatan Jungkat Kota Intan dan bangunan kedua di lokasi yang sama sekarang dianggap tidak cocok untuk kota sebesar Batavia saat itu.
Arsitektur dari museum ini menyerupai Balai Kota Lama di Amsterdam yang sekarang menjadi Istana Dam, terdiri atas bangunan utama dengan dua sayap di bagian timur dan barat serta bangunan sanding yang digunakan sebagai kantor, ruang pengadilan, dan ruang-ruang bawah tanah yang dipakai sebagai penjara. Bangunan ini bergaya abad ke-17, yaitu gaya Barok klasik, yang memiliki luas lebih dari 1.300 meter persegi dengan tiga lantai bangunan yang bercat kuning tanah, kusen pintu dan jendela dari kayu jati berwarna hijau tua. Bagian atap utama memiliki penunjuk arah mata angin.
Dahulu, selain sebagai Staadhuis atau Balai Kota, gedung ini juga menjadi Raad Van Justitie atau Dewan Pengadilan yang menangani berbagai perkara pidana dan perdata di kota Batavia. Bagi para terdakwa suatu perkara yang akan diadili diharuskan mendekam dalam penjara bawah tanah dengan tangan dirantai. Bagi yang terbukti melakukan kejahatan atau dianggap memberontak terhadap pemerintahan Belanda, maka salah satu hukuman yang diberlakukan adalah hukuman gantung didepan Staadhuis.
Seperti umumnya gedung Balai Kota di Eropa yang dilengkapi lapangan, Staadhuis ini juga memiliki lapangan dengan nama Stadhuisplein. Pada tahun 1925 sampai 1952, bangunan ini menjadi Kantor Pemerintahan Propinsi Jawa Barat dan sempat juga menjadi Kantor Pengumpulan Logistik Dai Nippon (1942-1945). Lalu bangunan ini menjadi Kodim Jakarta Barat sebelum diserahkan kepada Pemda DKI Jakarta pada tahun 1968. Pada tahun 1974, semua koleksi dari Museum Oud Batavia (Batavia Lama) di Jalan Pintu Besar Utara dipindah ke Staadhuis dan bangunan ini diresmikan oleh Gubernur Ali Sadikin menjadi Museum Sejarah Jakarta. Sedangkan bangunan di Pintu Besar sekarang menjadi Museum Wayang.
Di dalam Museum Sejarah Jakarta terdapat lebih dari 500 buah koleksi benda bersejarah. Umur koleksi ada yang mencapai lebih 1.500 tahun khususnya koleksi peralatan hidup masyarakat prasejarah seperti kapak batu, beliung persegi, dan kendi gerabah. Koleksi warisan Museum Jakarta Lama berasal dari abad ke-18 dan 19 seperti kursi, meja, lemari arsip, tempat tidur dan senjata. Koleksi menarik lainnya adalah Meriam si Jagur, patung Hermes, lukisan Gubernur Jendral VOC Hindia Belanda, peralatan masyarakat prasejarah dan prasasti.
